Le roi Nann, père de Gyptis, traita Massalia comme une sœur. A sa mort, son successeur et fils, Commanus n'hérita pas de sa bienveillance. Jaloux de la rapide prospérité Massaliote, il ligue les tribus voisines contre la jeune cité. Les phocéens ont une police bien organisée et des remparts ceinturent la ville. Vainqueurs des rencontres avec leurs belliqueux voisins, ils étendent leur domaine des territoires conquis et cultivent alors ces terres en friche. Bien que seul la vigne et l'olivier donnent une production importante, ils plantent aussi le figuier, le citronnier et l'aloès.
Mais la paix n'est pas pour autant assurée et les agressions Ligures persistent. Les phocéens prennent l'habitude, pendant les fêtes, de fermer les barrières, poster des sentinelles sur les remparts et d'avoir des veilleurs de nuit. Les étrangers entrant dans la ville doivent être reconnus. Personne ne peut entrer avec des armes. Elles doivent être laissées à l'entrée et récupérées en sortant.
La cité phocéenne est sauvée de l'acharnement de ces ennemis à la détruire par Bellovése, un Gaulois. Neveu d'Ambigat roi des Bituriges, il est chargé par ce dernier de conquérir le nord de l'Italie. Alors qu'il avance vers les alpes, une délégation marseillaise part à sa rencontre et sollicite son aide. Le chef gaulois accepte car selon Tite-Live: "il croyait que c'était une augure favorable de ses victoires au-delà des Alpes, si un peuple, qui tentait a peu près la même fortune que les Gaulois, avait un heureux succès"
En 545 av JC, alors que la paix règne sur Massalia, Phocée la mère patrie, tombe aux mains des Perses, provoquant peut-être une nouvelle arrivée de phocéens vers la ville. Les activités de pêche et de commerce se développent. Habiles dans l'art de construire des bateaux et des machines de guerres, les Massaliotes échangent leurs vins et leurs saumures, dans les ports de Grèce et d'Italie, contre le froment et d'autres céréales.
Au premier temps de sa vie politique Massalia hérite de Phocée son système oligarchique, puis établi un conseil de six-cents membres, les Timouques. Pour en faire parti il faut être marié, avoir des enfants et prouver sa citoyenneté depuis au moins trois générations. Les six-cent "sénateurs" discutent des affaires générales et laissent à quinze d'entre eux le soin de l'administration publique. Ces quinze, enfin, délèguent le pouvoir exécutif à trois des leurs. Mais seul les six-cents timouques décident ensemble de la guerre ou de la paix, votent les lois ou nomment les ambassadeurs. Le droit maritime est alors identique à celui d'Athènes ou de Rhodes.
Afin que personne ne puisse les ignorer, les lois sont gravées sur des tables d'airain, exposées aux coins des rues. En tête du code marseillais, deux peines forcent les mœurs à l'intégrité : l'infamie et la mort. Si la mort est rarement prononcée, l'infamie consiste en la perte des droits civiques et la confiscation des biens, particulièrement en cas de malversation. La loi fixe aussi les dépenses maximales pour la parure que chacun peut arborer. De la même façon la dot est, elle aussi, limitée.
La consommation de vin est interdite aux femmes. Valère maxime, historien romain du Ier siècle écrira : "les magistrats ne laissaient pas monter sur scène les bouffons et les mimes, dont les pièces ne représentaient que des actions infâmes, de peur que l'habitude de voir de pareilles fictions n'inspirât l'idée de les imiter". Les portes de la ville sont fermées aux charlatans et aux mendiants. L'éducation est probablement basée, comme à Athènes, sur la gymnastique. Les enfants la pratique de sept à dix-huit ans. Devenu éphèbes, ils apprennent l'art militaire jusqu'à 20 ans, enfin soldats, ils servent jusqu'à soixante ans.
Les Massaliotes conservent l'austérité des mœurs phocéenne. Cicéron en dira : "Marseille; cette cité que j'incline a préférer, pour la discipline et la gravité des mœurs, non seulement a la Grèce, mais a toutes les autres nations; cette cité, qui, si loin des contrées ou l'on cultive la langue et les arts de la Grèce, entourée de peuples de la gaule, et comme battue des flots de la barbarie, est néanmoins tellement régie par l'élite de ses citoyens, qu'il est plus facile d'admirer que d'imiter son exemple".
Mais, il écrira aussi dans son ouvrage, De Republicâ : "Si les Marseillais, nos clients, sont gouvernés par les principaux habitants, avec une grande équité, la condition du peuple y parait pourtant voisine de la servitude". Le peuple n'ayant pas droit de regard sur les affaires de l'état.
La religion occupe une part importante dans la vie de la cité. Comme tous les Ioniens, les Massaliotes vénèrent les divinités grecques mais aussi orientales avec les déesses Cybèle et Diane d'Ephèse. Plus de quarante-trois stèles dédiées à Cybèle seront découvertes, en 1964 à Marseille, lors du percement de la rue Negrel. Les deux divinités les plus honorées sont Diane d'Ephèse et Apollon de Delphes qui ont leurs temples dans l'enceinte de la ville.
C'est sous les auspices de Diane d'Ephèse que partit l'expédition pour fonder Marseille. Son temple s'élève sur l'emplacement actuel de la cathédrale de La Major. Un temple dédié à Apollon de Delphes occupe l'emplacement de l'actuelle église Saint-Laurent. En 1653, une opération de dragage dans le port de Marseille permettra la découverte d'une statue colossale de Jupiter. Elle se trouve actuellement dans un musée de Stuttgart.
La bonne renommé de ces mœurs et l'exemplarité de sa constitution politique contribuent au développement et à la prospérité commerciale de la ville. Marseille rayonne, ces écoles jouissent d'une réputation universelle. Des professeurs salariés de l'état y donnent publiquement des leçons de dialectique, d'éloquence, de géographie, de jurisprudence et d'astrologie. Les Romains viennent en nombre s'y instruire ou y envoient leurs enfants. Jules César nous apprendra que les druides n'utilisaient que l'écriture grecque, ils n'ont put l'apprendre que des Phocéens.
Les anciens Marseillais s'occupent aussi de la conservation et de l'étude des poèmes d'Homère, ils sont parmi les premiers peuples grecs à compléter une édition d'Homère qui devient célèbre sous le nom de Massaliotique.
Massalia n'a, jusque là, eue avec Rome que des relations passagères. Trop faible pour affronter seule Carthage qui lui dispute l'empire des mers, Marseille prend contre sa rivale le parti des Romains.
En 390 av JC, des députes envoyés à Delphes pour déposer sur les autels d'Apollon l'offrande de la république marseillaise trouvent à leur retour Rome envahie. Les Gaulois Sénonais dirigés par Brennus, exigent des sommes énormes pour se retirer. Les députes de retour en hâte, annonce la nouvelle à Marseille qui réunit l'argent du trésor public et le fait parvenir au sénat Romain . Les Romains, reconnaissants accordent aux bateaux partis du Lacydon d'entrer francs de tout droits dans les ports de la république et les oligarques marseillais sont invités à s'asseoir dans les arènes au coté des sénateurs.
Alors que Marseille et Carthage se disputent les flots,vers 350 av JC, naissent Euthymènes et Pythéas. Ils vont donner avec leurs explorations une connaissance plus grande du monde marin. Euthymènes parcourt les côtes occidentales d'Afrique jusqu'au Sénégal, des monnaies massaliotes marquées de girafes ou d'hippopotame sont certainement à l'origine de cette découverte. Pythéas, lui remonte l'océan Atlantique, découvre les côtes de Grande-Bretagne et parvient en mer Baltique. A cette occasion il détermine la latitude de Marseille à 43 degrés 17, connue aujourd'hui à 43 degrés 18. La majorité des contemporains ne croient pas au récit de ces aventures tant elles semblent folles.
C'est à cette époque que le domaine continental de Marseille est le plus étendu. Les comptoirs Marseillais s'étalent d'Emporion (Ampurias, en Espagne) à Nikaia (Nice). Ils sont destinés à protéger les côtes des pirates et servent de relais vers l'intérieur des terres. Massalia ne cherche pas à conquérir de grands territoires, mais veux surtout contrôler le trafic maritime. Les marseillais tiennent à la libre circulation de leur marchandise dans les terres et visent à étendre leur commerce.
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