A partir du VIIIe siècle, les pirates grecs sillonnent la méditerranée et les sarrasins ravagent la Provence. Marseille souffre de ces nombreuses agressions. Un abri fortifié, permettant à la population de se réfugier en cas d'attaque, est construit sur les hauteur de la butte St Laurent. Il aurait été élevé à la demande de l'évêque Babon.
Situé à l'endroit de l'actuelle église Saint-Laurent ses fortifications suivent le rivage, s'étendent au nord jusqu'à l'actuelle place de Lenche et servent à l'est de limite entre la ville vicomtale et la ville épiscopale. En 923 les sarrasins pillent le monastère de St Victor mais le château Babon résiste à leurs assauts. En 1164, il est cité dans une lettre de l'empereur Frédéric Barberousse où il est nommé Castellum Babonis.
Les Hospitaliers, un ordre religieux militaire voué à la défense et aux soins des pèlerins, sont connus sous le nom d' Ordre de Saint-Jean de Jérusalem. Au XIIe siècle, ils installent leur commanderie de Marseille à l'entrée du port sous les murailles du château Babon. Au même moment les Templiers établissent la leur, de l'autre coté du port, sur le site de de l'actuelle église des Augustins.
Au XIIe siècle, l'entrée du Vieux-port est large d'à peine trente mètre, le reste de la passe étant bloquée par de nombreux rochers. Elle est protégée par une chaine tendue entre un pilier en maçonnerie construit dans la passe et la tour Maubert, dite aussi tour de la Chaîne (turris cathene portus).
Au XIIIe siècle, Les Hospitaliers de Saint-Jean construisent à coté de leur commanderie, en contre-bas de l'église Saint-Laurent, une église à nef unique. Ce sera l'église Saint-Jean.
En 1423, les Aragonais d'Alphonse V mettent la ville à sac et emportent comme trophée la chaîne du port. Après cette attaque, les remparts déjà anciens de la commanderie des Hospitaliers de Saint-Jean sont en ruine. Le roi René décide du remplacement de la tour Maubert par l'actuelle tour carrée qui porte son nom, elle est achevée en 1452. Ayant contribué à son financement, les pêcheurs de Saint-Jean se voient concéder à perpétuité la calanque de Morgiou avec le droit exclusif d'y établir une madrague pour la pêche au thon.
La tour du Fanal, ronde, marquant l'entrée du vieux port est érigée en 1644 à la demande des armateurs Marseillais.
Louis XIV, dans sa prise de pouvoir sur Marseille ordonne la construction d'ouvrages de défense pour protéger la ville, mais surtout pour la tenir en respect et éviter de nouvelles insurrections. Ce sera le fort Saint-Nicolas sur la rive sud, et fort Saint-Jean sur la rive nord. Le fort intègre dans sa construction la tour du roi René, celle du Fanal ainsi que l'église Saint-Jean pour partie déjà en ruine. Les travaux sont dirigés par le chevalier de Clerville, à sa mort en 1671 ils sont presque terminés. Vauban nommé commissaire général des fortifications lui succède. Arrivé à Marseille en 1679, il juge les défenses insuffisantes et fait creuser la dépression naturelle qui sépare le fort Saint-Jean de la butte Saint-Laurent. Désormais un large fossé inondé isole, telle une île, le fort de la ville.
A la révolution, le major de Beausset qui commande le fort refuse de capituler. Tentant de s'enfuir, il est capturé le 2 mai 1790 et sa tête est promenée au bout d'une fourche. En 1793 Phillipe-Egalité y est détenu avec une partie de sa famille. Le 5 juin 1795, Cent-vingt-sept jacobins sont enfermés dans le fort, des hommes en armes y pénètre, forcent les portes des cachots et massacrent les détenus.
Au milieu du XIXe siècle, le fossé du fort Saint-Jean est creusé plus profondément encore, reliant ainsi par un chenal le bassin de la Joliette au vieux-port. Le canal est protégé de la mer par des amas de pierres plates. Ce qui vaut que les marseillais appellent, aujourd'hui encore, ce coin de la ville : les pierres plates.
En 1905, le pont transbordeur pose un de ces deux piliers devant le fort. En 1908, une caserne est construite à l'ouest du fort, prés de la tour du Fanal. Des recherches dans les puits de forage exécutés pour la réalisation du bâtiment permettent la découverte de fragments de poteries grecques datant de la première moitié du VIe siècle avant JC. Dans les années trente, le bassin de la Joliette est réaménagé, on crée à cette occasion la digue que nous connaissons aujourd'hui, le canal qui n'a plus lieu d'être est comblé en 1938.
Pendant la seconde guerre mondiale les allemands qui occupent la ville, transforment le fort Saint-Jean en dépôt d'explosifs. Les bombardements alliés feront exploser ce dépôt détruisant ainsi les parties les plus anciennes de l'édifice.
Le fort Saint-Jean est classé monument historique en juin 1964. Le Département de Recherche Archéologique Subaquatiques et Sous Marines y occupent des locaux à partir des années 1970.
A la fin du XXe siècle, l'ancien bunker allemand situé devant l'entrée historique du fort est transformé en mémorial des camps de la mort.
Aujourd'hui, le fort accueille temporairement le MuCEM qui attend son bâtiment prévu sur le môle J4, récemment rendu par le port à l'espace municipal.
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