Au Moyen-Age, à l'est de l'entrée du Vieux-port, s'élève une petite chapelle dépendante de l'abbaye de Saint-Victor. Elle a été bâtie vers la fin du XIIe siècle et placée sous le vocable de Saint-Nicolas. Elle est aménagée et fortifiée en 1322 pour accueillir une des extrémités de la chaîne barrant l'entrée du port. En 1591, cette chapelle est transformée en fortin.
Au XVIIe siècle, Marseille, jalouse de préserver ses libertés municipales et rebelle à l'autorité des représentants du roi de France, oppose une résistance telle que le roi Louis XIV, irrité de cette insubordination, assiège la ville avec 7000 hommes. Il y entre en personne, le 2 mars 1660, en faisant ouvrir une brèche dans les murailles, marquant ainsi son autorité suprême.
Bien décidé à reprendre Marseille en main, conscient du potentiel économique de la cité et de son port, Louis XIV impose à la ville des agrandissements aux frais de la municipalité. Il est question, entre autres, de l'édification d'un fort pour défendre la ville mais surtout pour parer à toute nouvelle révolte de la population marseillaise. Ce fort prend le nom du saint patron de la chapelle sur laquelle il est construit : Saint-Nicolas.
Sur la première pierre, posée par le Duc de Mercoeur, on pouvait lire cette phrase pleine d'ironie "de peur que la fidèle Marseille, trop souvent en proie aux criminelles agitations de quelques séditieux, ne perdît enfin la ville et le royaume ou par la fougue des plus hardis ou par une trop grande passion de la liberté et que le roi des Français voulait pourvoir par cette citadelle à la sûreté des grands et du peuple". Les travaux, effectués en un temps record, s'achèvent en 1664.
En 1789, l'esprit de liberté soufflant, les marseillais s'empressent d'attaquer ce symbole royal et détruisent la plus grande partie de la forteresse. Les gouvernements successifs se contentent de modestes réparations, c'est seulement vers le milieu XIXe siècle qu'elle sera vraiment remise en état. Malgré une forte demande des marseillais de raser l'édifice, ce qui aurait permis l'extension de la ville et la création de bâtiments commerciaux, le génie militaire en votera le maintient le 11 mars 1865 par 11 voix contre 9.
En raison du développement urbain et industriel de Marseille, le Conseil municipal vote, le 18 avril 1860, l'ouverture d'un boulevard reliant le Vieux-Port au Palais du Pharo, jusque là seul celui de la Corderie assurait cette liaison. Ce nouveau boulevard traverse le fort désormais coupé en deux. Boulevard de l'Empereur en 1864, Victor Hugo en 1870, du Pharo en 1871, il est baptisé boulevard Charles Livon en 1922 du nom d'un médecin marseillais fondateur de l'Institut antirabique installé dans l'enceinte du Palais du Pharo.
La partie haute du fort fut nommée, en 1887 du nom d'un navigateur français, fort d'Entrecasteaux. Elle est constituée de bâtiments appartenant à l'armée qui ne se visitent pas et d'un espace ouvert au public où l'on peut voir les restes d'un ancien moulin à vent devenu en 1954 un monument commémoratif. La partie basse appelée fort Ganteaume, du nom d'un préfet maritime, héberge le cercle militaire et le mess des officiers.
L'ensemble des bâtiments du fort Saint-Nicolas est classé Monument historique depuis le 14 janvier 1969 et n'aura, dans son histoire, jamais eu à servir contre la ville et sa population.
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