A l'origine la confrérie du Saint-Esprit fonde, en 1166, l’hôpital du Saint-Esprit dans le quartier des Accoules. Il a vocation à accueillir les malades et les enfants abandonnés. En 1344, Bernard Garnier, riche négociant, fonde l'hôpital Saint Jacques de Galice destiné aux femmes. En 1593, Charles de Cazaulx, premier consul de Marseille, réunit les deux hôpitaux en un seul établissement qui prend le nom d'Hôtel-Dieu.
Malgré les nombreuses épidémies qui s’abattent sur la ville, la population ne cesse de croître et l’hôpital fait régulièrement l'objet d' agrandissements. En 1723, Jacques Daviel (célèbre par la mise au point de la cure de cataracte par extraction du cristallin) institue à ses frais un enseignement d'anatomie. Sous l'Ancien Régime, l'Hôtel-Dieu se différencie des autres hôpitaux français par le fait que les malades sont soignés par un personnel exclusivement laïc.
La partie centrale du bâtiment que nous connaissons aujourd’hui est construite en 1753 sur des plans de l'architecte Jacques Hardouin Mansart. En 1782, on crée, sur les plans de l'architecte Brun, les grands escaliers monumentaux ornés de rambardes en fer forgé. Cet ensemble est aujourd'hui inscrit à l'inventaire des Monuments historique. Les ailes latérales sont ajoutées en 1865, les vieilles maisons qui enserrent l'hôpital sont détruites et remplacées par un square.
En 1993, les derniers malades quittent l’Hôtel-Dieu. L'établissement assure alors, jusqu'en 2006, la formation des élèves des professions médicales.
Surplombant la rive nord du Vieux-Port, idéalement situé au cœur du vieux quartier de Marseille, un projet prévoit aujourd’hui d’aménager le bâtiment en hôtel de luxe géré par un grand groupe hôtelier. Le projet devrait voir le jour à l’occasion de Marseille 2013 capitale européenne de la culture.
Inauguré le 24 juin 1640, l’Hospice de la Charité est construit à l’initiative du chanoine Emmanuel Pachier. Il sert à enfermer les mendiants de la ville que des "chasse-gueux" sont chargés de saisir dans les rues, la mendicité étant fortement réprimée. Agrandi en 1655, il abrite trois cents pauvres. Le 14 août 1672, commence la construction d’un nouveau bâtiment.
En 1679, l’un des fondateurs, Honoré de Seigneuret, fait un don de six mille livres pour la construction d’une église. Pierre Puget en fournit les plans, on rapporte qu’il aurait touché pour salaire la somme de quinze pistoles. La chapelle de forme elliptique, couverte d’un dôme en pierre de taille, fait face à l’entrée principale.
En 1687, démarre un plan d’agrandissement mais la lenteur des travaux et de nombreuses interruptions de chantier font qu’ils se terminent avec l’aile gauche en 1729. Deuxième hospice le plus important du XIXe siècle, la Vieille-Charité, forte de six cents lits, accueille les vieillards, les incurables et les orphelins.
L’hospice est entièrement rénové en 1862 et la chapelle centrale gagne pour sa façade une décoration jusque là inexistante. Au même moment, se termine en 1863 la construction de l’hôpital de l’Immaculée-Conception (aujourd’hui, la Conception) dix-sept ans après l’approbation des plans et devis par le ministère de l’intérieur.
Après avoir été restaurée, de 1961 à 1986, la Vieille-Charité, située au cœur du quartier du Panier, abrite aujourd’hui le Musée d’Archéologie Méditerranéenne, le Musée des Arts Africains, Océaniens et Amérindiens ainsi que des centres de documentation et de recherche. Des expositions temporaires y sont organisées. L'une d'elles a réuni, du 16 septembre 2008 au 11 janvier 2009, les peintres Van Gogh et Monticelli.
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