Le Palais du Pharo se situe sur un escarpement rocheux, autrefois difficile d'accès, connu sous le nom de Tête de More puis au XIXe comme la Réserve. Lors de la construction du fort Saint-Nicolas, le Chevalier de Clerville, hésitera un temps entre l'emplacement actuel du fort et celui du Palais du Pharo.
Au XIXe siècle, parmi les lieux de plaisances les plus courus de Marseille, on trouve à cet endroit deux cabarets. Des guinguettes dans le goût italien de l'époque, tenues respectivement par Messieurs Icard et Policard. De construction modeste, on y vient surtout pour les fruits de mer, principalement les oursins et les clovisses qui font la réputation du lieu.
Le nom de Réserve viendrait, pour les uns, de la réserve à coquillages de ces établissements, pour les autres, il viendrait des stocks de bois flottants du chantier naval installé dans l'anse appelée jusqu'en 1837, Anse de la Fontaine du roi.
L'endroit est une véritable institution, il accueille pour la seule année 1844 : Chateaubriand, Lamartine, Victor Hugo, Alexandre Dumas, Honoré de Balzac, Théophile Gautier et Gérard de Nerval revenant d'orient. Après la fermeture un des cuisiniers, François Roubion, installera, en 1860, sur la Corniche, un hôtel-restaurant de grand luxe. Il nommera son restaurant, la Réserve, en souvenir du lieu chéri des marseillais, désormais disparu.
En 1852, le Prince-Président Louis Napoléon Bonaparte, Napoléon III, est en visite à Marseille. A cette occasion, il émet le souhait de faire construire une résidence en ce lieu car il offre une vue saisissante sur l'entrée du port de Marseille, sur la mer et les rivages de la chaîne de l'Estaque, l'actuelle Côte Bleue, ainsi que sur la colline de Notre-Dame de La Garde.
La Ville de Marseille, en remerciement de l'intervention de Napoléon III, lors de l’échange des terrains du Lazaret entre l’Etat et la ville, acquiert le plateau du futur Palais du Pharo et le lui offre en 1855. Les plans sont confiés aux architectes Vaucher et Lefuel. La première pierre est posée le 15 août 1858, jour de la fête de l'Empereur.
Conçue comme une résidence thermale à l'image de celle de l'impératrice Eugénie à Biarritz, sur un plan en U et de taille légèrement supérieure, le Palais du Pharo ne sera jamais occupé par le couple impérial. La guerre éclate en 1870. Le Palais, à peine terminé, n'est pas encore meublé. Le Second Empire cède la place à la Troisième République, Napoléon III meurt deux ans plus tard. La construction du palais aurait coûté près de 1.500.000 francs de l’époque.
Après la confiscation des biens privés de l'empereur, le Palais du Pharo est rendu à Eugénie, La municipalité tente, sans succès, avec un long procès, de le récupérer. Mais la propriété reste à Eugénie qui, libre d'en disposer, décide en 1884 de l'offrir à la Ville de Marseille. En 1893, Charles Livon y fonde le premier Institut antirabique qu'il dirigera pendant vingt-quatre ans.
En 1905, est créée l'Ecole d'application du service de santé des troupes coloniales qui deviendra l'Institut des Médecines tropicales du service de santé des armées toujours en place actuellement. Une faculté de Médecine y fonctionnera jusqu'en 1954.
Aujourd’hui, le Palais du Pharo abrite les locaux de la Communauté Urbaine Marseille Provence Métropole et des services de la Ville. Le maire y dispose d’un second bureau indépendant de celui de l'Hôtel de Ville. Un salon est utilisé par la mairie du 1er secteur pour la célébration des mariages. Le palais accueille également des congrès grâce à un auditorium souterrain. Il comporte aussi un jardin public qui constitue une agréable promenade pour les marseillais.
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