De l'autre côté du port, en dehors de la ville, au pied de l'actuelle colline de Notre-Dame de la Garde se trouvait une nécropole remontant à l'époque grecque où la tradition plaçait la tombe d'un martyr marseillais nommé Victor. Le culte de ce martyr devient si populaire que l'évêque de Marseille, Proculus, décide la construction d'une église qui sera consacrée en 440.
Cette première église était précédée d'une vaste salle carrée qui correspond aujourd'hui à l'Atrium. L'ensemble formé par l'église et l'atrium sera transformé en crypte lors de la construction de l’église abbatiale celle que nous connaissons aujourd'hui. Tout près de l'église, s'établit aussi un monastère dont on attribue traditionnellement la construction à Jean Cassien, un moine venu d'Orient.
Du VIe au Xe siècle, la Provence est ravagée par des incursions sarrazines : les églises et les abbayes sont systématiquement pillées et détruites. L'abbaye de Saint-Victor est détruite par deux fois en 838 et en 923. Faute d'archives, on ne connaît pas le nom des abbés qui se succédent à cette époque
Avec la victoire sur les Sarrazins, en 972, de Guillaume 1er, comte de Provence, commence pour l'abbaye de Saint-Victor, un âge d'or sous l'impulsion d'Honorat II, évêque de Marseille. Il reconstruit l'abbaye et y rétablit la vie monastique selon la règle de Saint-Benoît. Son premier abbé se nomme Wilfred ou Guifred (1005-1020). Son successeur, l'abbé Isarn (1020-1047) entreprend de grands travaux. On lui doit la construction de la première église haute. Elle est consacrée en 1040 par le pape Benoît IX. De cette époque date, la tour dite d’Isarn par laquelle on accède aujourd’hui dans l’église.
Au fil du temps, les abbés deviennent des hommes de plus en plus puissants. Le cartulaire de Saint-Victor réalisé vers 1070-1080 dresse l'inventaire des nombreuses possessions de l'abbaye ainsi que de ses droits seigneuriaux : à Marseille, elle possède toute la rive sud du Vieux-Port jusqu'à l'actuelle rue Beauvau, où se trouvent de riches salines. Elle détient aussi une partie du terroir marseillais située entre l'actuelle place Jean-Jaurès et la colline de Notre-Dame de la Garde. Elle administre 440 églises et prieurés. Les abbés de Saint-Victor détiennent le privilège de l'eau depuis Saint-Menet jusqu'à la mer où ils perçoivent des droits sur les moulins et les canaux.
Vers la fin du XIIe siècle, la discipline monastique se relâche. En 1188, une bulle du pape Clément III prescrit une meilleure administration de l'abbaye. La situation continuant à se dégrader, les papes Célestin III et Innocent III essaient à leur tour de restaurer la discipline. Malgré ces rappels à l'ordre, les abbés continuent de privilégier leurs préoccupations matérielles au détriment de leur zèle religieux. Ils revendiquent leurs droits avec d'autant plus d'âpreté qu'ils ont besoin d'argent pour la construction de nouveaux bâtiments abbatiaux. C'est ainsi qu'au début du XIIIe siècle, Hugues de Glazinis entreprend la reconstruction d'une nouvelle église abbatiale. C'est à la suite de ces travaux, que les constructions antérieures deviennent les cryptes actuelles.
Guillaume de Grimoard, abbé de Saint-Victor est nommé pape sous le nom d'Urbain V. Il entreprend l'agrandissement de l'église et comme l'abbaye joue un rôle important dans le système de défense de la ville, il la dote de fortifications qui lui donnent aujourd'hui sa silhouette crenelée caractéristique. Quand Urbain V décède en Avignon en 1370, sa dépouille est transportée à Saint-Victor conformément à ses voeux.
L'abbaye de Saint-Victor possédait une importante bibliothèque connue grâce à un règlement de 1198 et à un inventaire de 1374. Elle comptait de nombreux ouvrages de théologie et de liturgie, mais aussi de droit, d'histoire, de littérature ancienne, de médecine et de sciences.
Cette riche bibliothèque a disparu. Plusieurs hypothèses ont été avancées l’érudit Mortreuil suppose que Julien de Médicis, abbé de Saint-Victor de 1574 à 1584, aurait offert à sa parente la reine Catherine de Médicis, les manuscrits de l'abbaye. Augustin Fabre suppose, lui, que c'est Richelieu qui se serait fait remettre la plupart des livres.
À la veille de la Révolution, l'abbaye de Saint-Victor constitue un vaste ensemble comprenant, outre l'église actuelle, le cloître, le dortoir, la salle capitulaire au sud, un petit cloître et le palais de l'abbé au nord. En 1791, l'abbaye est vendue comme Bien national : on entreprend la destruction du cloître.
Le décret du 6 janvier 1794 lui porte un coup fatal en ordonnant la destruction des églises ayant servi de lieux de réunion aux Fédéralistes marseillais, or Saint-Victor a été le siège de l'une de leurs sections. L'abbaye et l'église sont alors dépouillées de leurs trésors, les reliques sont brûlées, l'or et l'argent servent à battre des monnaies. L'église sert de dépôt de fourrage et de prison.
La démolition de l'ensemble des bâtiments commencée sous la Révolution se poursuit jusqu’au milieu du XIXe siècle. Ces démolitions en plein centre-ville permettent le prolongement de rues existantes (rue Sainte, rue de la Corderie) ou la création de voies nouvelles (rue de l'Abbaye, rue du Commandant Lamy). Le presbytère actuel a été construit en 1860.
En 1963, la ville de Marseille et le Ministère des Affaires Culturelles entreprennent des fouilles et une restauration complète de l'abbaye. En 1968, la mairie fait replacer dans les cryptes la riche collection de sarcophages (fin IVe-début Ve siècle) que contenait l’église et qui étaient jusque là exposés au Musée Archéologique du château Borély. Cette collection fait de l’église Saint-Victor le musée d'art chrétien du premier millénaire le plus important en Provence après celui d’Arles.
En 1997, l'église est inscrite à l'inventaire des Monuments historiques.
Chaque année, pour la Chandeleur, se déroule à l'église Saint-Victor une fête traditionnelle très populaire qui fait partie des traditions marseillaises. Ce jour-là, la statue de la Vierge noire, conservée dans une des cryptes, est revêtue de son manteau vert et exposée dans l'église supérieure.
Une procession part du Vieux-Port, emprunte la rue Sainte et monte jusqu'à l'église. La statue est présentée aux fidèles réunis sur le parvis. L’archevêque bénit la statue et célèbre la messe. Des cierges de cire verte sont brûlés en offrande puis, les fidèles achètent à la boulangerie proche des navettes.
Ces biscuits en forme de bateau rappellent la barque qui, selon la légende, aurait amené sur les côtes provençales : Marie Salomé, Marie Jacobé et Marie Madeleine accompagnées de Sarah ce qui aurait donné son nom au village des Saintes-Maries-de-la-Mer.
En savoir plus : L'importance de l'abbaye de Saint-Victor dans l'Histoire de Marseille
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