Le Vieux-port et Marseille ne font qu'un, l'image de l'un est intimement liée à celle de l'autre, ils sont indissociables. L'histoire de Marseille pourrait s'écrire à travers celle du Vieux-port. C'est à lui, le Lacydon, que Marseille doit sa création et sa prospérité.
Les Phocéens, navigateurs avertis, comprennent vite l'intérêt de ce qui n'est alors qu'une simple calanque. Invisible depuis la haute-mer, orientée est-ouest, elle est abrité des vents par une colline au nord et plusieurs petites sources y fournissent l'eau douce. La crique est alors plus grande que le Vieux-port d'aujourd'hui.
Elle s'étend jusqu'à la hauteur de l'actuel Centre Bourse et se termine par une corne pointant vers le nord. C'est cette corne qui fera écrire à Jules César que Marseille est une ville bordée par la mer sur ses trois cotés. On peut voir dans le Jardin des Vestiges le quai d'époque romaine qui se trouvait à sa pointe.
Le fond de la calanque est occupé par des marais où pousse, peut-être déjà, le chanvre nécessaire à la fabrication des cordages. Alors que la cité antique se développe sur la rive nord, une forêt sur la rive sud fournie le bois nécessaire à la construction navale. Le réseau maritime Massaliote se développant, la cité prospère rapidement et devient un véritable centre méditerranéen de redistribution de marchandises.
Face à la ville, entre le IIe et le IVe siècle, l'abbaye de Saint-Victor s'établit sur la rive sud. Celle-ci possède des salines au niveau de l'actuelle rue Beauvau. Exploitées dès le VIe siècle, elles seront vendues en 1512 pour l'extension des arsenaux de Louis XII. A partir du VIIe siècle les invasions sarrasines, les pillages et les attaques de pirates réduisent considérablement l'activité du port.
Au Xe siècle, les marais désormais asséchés prennent le nom de Plan Fourmiguier, un chantier communal de construction navale et des charpentiers s'y installent. Le port de Marseille trouve avec les croisades un nouvel essor, il est au XIIIe siècle un point d'embarquement important pour la terre sainte. Charles II, comte de Provence, après avoir aménagé un embarcadère militaire au sud-ouest du port, installe en 1291 sur le plan Fourmiguier un chantier naval qui servira plus tard de base à l'Arsenal des Galères.
A cette époque les maisons tournent le dos au port, elles forment un rempart ponctué d'ouvertures. C'est par ces ouvertures, appelées Grottes, que se fait la circulation des marchandises entre la ville et les quais. Elles sont fermées tout les soir par des grilles en fer et, sur les quais, des entrepôts reçoivent et stockent la marchandise débarquée.
En 1423 les Catalans d'Alphonse V mettent la ville à sac et emporte comme trophée la chaine qui, jusque-là, fermait le port tous les soirs. Cette chaîne était tendue à l'entrée du port entre la tour Maubert au nord et la tour Saint-Nicolas au sud. Elle est aujourd'hui visible sur les murs de la cathédrale de Valence en Espagne. Le roi René soucieux de la défense du port, fait édifier en 1447 sur les restes de la tour Maubert , la tour carrée de Saint-Jean.
A la fin du XVe siècle, Marseille et la Provence sont unies au royaume de France, le port héberge alors le chantier naval des flottes royales. Au cours du XVIe siècle, les quais sont construits et le port creusé pour accueillir de plus grands navires.
En 1660, en représailles au soulèvement de Marseille contre son autorité, Louis XIV, lance la construction des forts Saint-Jean et Saint-Nicolas. Il impose aussi la construction de l'Arsenal des Galères qui occupera progressivement le plan Fourmiguier et la rive sud-est du port. La ville jusque-là limitée à la rive nord s'étend désormais sur la rive sud.
La Loge des marchands, créée en 1599, fait construire l' actuel hôtel de ville qui est achevé en 1673. La Loge réserve le rez-de-chaussé à ses seules réunions. Pour accéder au premier étage il faut passer par l'immeuble situe, derrière le bâtiment, de l'autre coté de la rue (de la Loge), grâce à une galerie en bois qui laissera, en 1786, la place à une autre, toujours visible aujourd'hui, en pierres de taille.
Pour compléter le dispositif de quarantaine du Frioul, anciennement situé au Lazaret, une consigne sanitaire est construite, en 1719, à l'entrée du port, mais n'empêchera pas la peste de 1720. Un second bâtiment, identique, sera construit en 1862.
Après le démantèlement de l'Arsenal des galères, la ville vend en 1784 le domaine à la Compagnie de l'Arsenal. La darse qui entrait dans l'arsenal est transformé en canal. L'îlot ainsi créé accueille des entrepôts pour le blé et surtout pour l'huile nécessaire à la fabrication du célèbre savon de Marseille. Ce canal, le Canal de la Douane, et son îlot occupent les actuelles place aux Huiles, place Thiars et le cours Estienne d’Orves. Devenu inutile et ses eaux insalubres, il sera comblé en 1927.
Le premier bateau à vapeur entre dans le port de Marseille en novembre 1818, arrivant de Naples, c'est le Ferdinando Ie. Le premier "vapeur" marseillais, le Henri IV, sera lancé en 1831.
Au milieu du XIXe siècle, l'eau de la Durance arrive à Marseille et son excédent renouvelle les eaux du vieux port qui retrouvent une salubrité, depuis longtemps perdue. Au même moment le trafic maritime, toujours croissant, surcharge le port. Devenu trop petit, il se voit adjoindre le bassin de la joliette, bientôt suivi par d'autres. La première ligne de ferry-boat est inauguré en juin 1880.
A l'entrée du port devenu le Vieux-port, on inaugure, en décembre 1905, le pont Transbordeur. Une criée au poissons ouvre sur la rive sud en 1909. Elle fonctionnera jusqu'en 1975 où elle sera transformé en théâtre : La Criée. Durant l'entre deux guerres, Marcel Pagnol débute sa Trilogie Marseillaise dont l'action se déroule sur le vieux-port, contribuant ainsi à la légende de la ville autant qu'à sa caricature.
En janvier 1943, les allemands, aidés de la police française, dynamitent les vieux quartiers de la rive nord du port. Plus de 1500 immeubles sont détruits, des milliers de personnes arrêtées et plusieurs centaines de juifs déportés. En 1944, les allemands dynamitent le pont transbordeur et détruisent complètement les ports. Dix ans de travaux seront nécessaires pour les remettre en état.
Les quartiers de la rive nord du port sont reconstruits en 1948 sous la direction de l'architecte Fernand Pouillon
Pour faire face à la circulation automobile grandissante, en 1967, on inaugure deux tunnels sous le vieux port, un pour chaque sens de circulation, reliant les rives nord et sud.
2600 ans après les premiers Phocéens, la petite calanque tranquille du Lacydon est devenue le cœur d'une grande métropole. Au bas de la Canebière, sur le quai des Belges, une plaque commémore cette arrivée qui fait de Marseille la plus vieille ville de France.
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